しかし、私たちの体内ではこのような散逸過程だけではなく、単純な物質から複雑な物質が合成されるような過程も存在します。例えば、細胞の基本的な機能は蛋白合成であり、たくさんのアミノ酸を定められたプログラムどおりに結合させて一つの蛋白という複雑な物質を合成しています。このような蛋白合成過程はエントロピー減少過程であり、「自己組織化」と言います。（ちなみに、一つの蛋白を合成する為の“定められたプログラム”のことを「遺伝子」と言います。）

　このような自己組織化の過程は、私たちの体の内部で生ずるエントロピーの増大を相殺して尚余りあるくらい、十分にエントロピーの小さいものを外部より体内に取り込むことにより維持されます。